9 lipca 2013r. w sprawie Sindicatul "Păstorul cel Bun" przeciwko Rumunii (Nr. 2330/09), Wielka Izba Europejskiego Trybunału Praw Człowieka wydała długo oczekiwany wyrok dotyczący wolności kościołów do działania w zgodzie z ich własnymi zasadami, bez arbitralnej ingerencji państwa, tj. zgodnie z zasadą autonomii kościołów.
Wielka Izba uznała, że państwo może, bez naruszenia wolności zrzeszania się zagwarantowanej w Konwencji (art. 11), odmówić uznania związku zawodowego księży, ponieważ takie uznanie naruszałoby prawo kościoła do funkcjonowania zgodnie z własnym statusem kanonicznym, a więc w zgodzie z zasadą autonomii zagwarantowaną w Europejskiej Konwencji Praw Człowieka w zakresie wolności religijnej (art. 9). Wyrok daleki jest jednak od jednoznacznej afirmacji autonomii Kościoła względem Państwa. Szczegółowo na temat tych kontrowersji przeczytać mozna w analizie Dyrektora Europejskiego Centrum Prawa i Sprawiedliwości dra Gregora Puppincka.
